「おなか」は本来、「背中」と同じ「中」を使い、「御中」と書くのが正しい漢字表記です。
しかし、「腹」の丁寧語(女性語)である「おなか」を「御中」「お中」と書くと現代では意味が通じにくく、「体の真ん中」に当たる「腹」を慣用的に「なか」と読ませているようです。

ところが、漢字の「腹」そのものには「なか」という読み方はなく、一般社会で使う漢字の目安とされている常用漢字表にもその読み方はありません。
そのため、「お腹」は「おなか」と表記することが多いようです。